Alter Modus je osnovan kao nevladina organizacija (udruženje građana) 11. juna 1997. godine. Osnovan je sa ciljem da pruži podršku ugroženim kategorijama stanovništva kako bi poboljšale svoju ekonomsku situaciju, samopouzdanje i aktivno učestvovale u društvenom razvoju.

Tokom 1999. godine Alter Modus je otpočeo sa implementacijom mikrokreditnog programa, uz podršku Visokog komesarijata Ujedinjenih nacija za izbjeglice (UNHCR) i Danskog savjeta za izbjeglice (DRC). Ubrzo su se pridružili i drugi donatori: Church World Service (CWS), Mercy CorpsInternational (MCI), kao i američko Ministarstvo poljoprivrede (USDA).

Cilj mikrokreditnog programa bio je pružanje finansijske pomoći mikropreduzetnicima koji su imali otežan pristup finansijskim sredstvima.

Vremenom, mikrokreditiranje postaje dominantna, a od 2002. godine i jedina djelatnost NVO Alter Modus.

Alter Modus je u vrlo ranom periodu nakon svog osnivanja uspio da obezbijedi komercijalne izvore finansiranja i da ostvari partnersku saradnju sa renomiranim evropskim bankama i fondovima koji podržavaju razvoj mikrokreditiranja kroz dugoročne kreditne linije. To su NOVIB, zatim EBRD, Oikocredit, Triodos, Triple Jump, ResponAbility, Bank in Bistum, FSFS, EFSE, AECI, KfW, IFC.

Kapitalizacijom dobiti, osnovni kapital se iz godine u godinu uvećavao, stvarajući još bolju osnovu za održivi rast i dalji razvoj.

Prvobitno je mikrokreditna djelatnost obavljana na osnovu Uredbe Vlade Republike Crne Gore, donesene 3. septembra 1998. godine.

Potom je 2003. godine Centralna banka Crne Gore donijela Odluku o minimalnim standardima za upravljanje rizicima u MFI, i zvanično postala regulatorni organ koji, pored banaka, kontroliše i pravna lica koja obavljaju mikrokreditne poslove. Nakon dobijanja dozvole za rad od strane CBCG (19. maja 2003. godine), NVO Alter Modus nesmetano obavlja djelatnost do 2008. godine.

Novim Zakonom o nevladinim organizacijama od 13. decembra 2007. godine (Sl. list CG 11/07), a u skladu sa Zakonom o bankama (Sl. list CG br.17/08), nevladine organizacije više nisu mogle da sprovode djelatnost mikrokreditiranja u Crnoj Gori. Kako bismo prevazišli problem uslovljen izmjenama u zakonskoj regulativi, NVO Alter Modus je osnovala privredno društvo – MFI Alter Modus DOO – na koje prenosi sve svoje poslovne aktivnosti, a svoj kapital ulaže u osnivački kapital Društva.

Od 1. januara 2009. godine MFI Alter Modus DOO obavlja cjelokupnu mikrokreditnu djelatnost.